Rempah segar paling rentan terkontaminasi bakteri pembusuk. Kadar air yang tinggi menjadi media empuk jamur atau kapang untuk tumbuh. Letakkan rempah segar dalam lemari pendingin. Sebelum disimpan, rempah akar rimpang (seperti jahe, lengkuas, atau kunyit) dicuci  hingga bersih, lalu bungkus rapat dengan kertas agar bumbu masih bisa ’bernafas’ dan tidak cepat kehilangan kelembapannya. Menyimpan cabai di lemari pendingin juga perlu dibungkus dengan kertas. Hindari kemasan plastik, karena akan membuat cabai lekas busuk. Untuk serai, daun salam, dan daun jeruk purut, masukkan ke dalam plastik lalu letakkan di lemari es. Lain lagi cara menyimpan bumbu dasar basah (berbentuk pasta). Agar bertahan lama, tumis dulu bumbu dan rempah yang sudah dihaluskan (baik rempah tunggal atau campuran) dengan panas yang cukup (± 70 °C) untuk membunuh mikroba, kemudian kemas dalam wadah steril (botol kaca bertutup rapat). Apabila kemasan telah dibuka, sebaiknya langsung disimpan kembali dalam lemari pendingin.

Untuk menyimpan bumbu dasar sesuai kebutuhan sekali masak di dalam plastik tebal yang di-press, jadi tidak sering keluar masuk kulkas. Untuk rempah kering, Simpan dalam wadah tertutup rapat terbuat dari kaca, dan letakkan di tempat yang kering atau di suhu ruang (25°-28°C). Jika ada bumbu yang mulai membusuk, buang segera supaya tidak menulari yang lainnya. Rempah kering dalam bentuk bubuk lebih cepat hilang aroma harumnya dibandingkan dengan yang utuh. Sifatnya yang mudah menyerap uap air dan bau membuat rempah bubuk rentan berjamur dan menggumpal. Menyimpan di dalam wadah tertutup rapat, kering, di suhu ruang adalah syarat mutlak penyimpanannya. Untuk bumbu olah berbentuk cairan, jika belum habis dipakai, lap mulut botol agar tidak ada bumbu tersisa yang bikin lekas berjamur. Tutup rapat dan simpan dalam lemari es. Untuk minyak (seperti: minyak wijen) letakkan di tempat yang sejuk dan kering karena minyak mudah menyerap aroma sekitarnya.