Beras merah memiliki kandungan serat lebih tinggi, sehingga pemasakannya membutuhkan waktu yang relatif lebih lama jika dibandingkan dengan pemasakan beras putih. Apabila pemasakan dilakukan secara biasa seperti memasak beras putih, yaitu  dalam waktu sebentar dan kurang air, biasanya nasi menjadi kurang matang dan masih keras.

Pemasakan beras merah memerlukan cara yang sedikit berbeda, yaitu pertama beras dicuci bersih, kemudian direndam kurang lebih setengah jam. Perendaman bertujuan melunakkan beras, sehingga pemasakan dapat dilakukan dalam waktu tidak terlalu lama.

Tahap berikutnya adalah pemasakan beras merah menggunakan air dalam jumlah lebih banyak daripada air yang digunakan untuk memasak beras putih. Serat merupakan bahan yang banyak menyerap air, sehingga beras merah memerlukan jumlah air yang lebih banyak dibandingkan beras putih.

Pada saat nasi sudah setengah matang dan air yang digunakan untuk merebus sudah habis, maka pindahkan nasi ke kukusan atau dandang, lalu ditanak sampai matang. Saat air yang digunakan memasak telah mendidih, turunkan perlahan temperaturnya.

Hal yang perlu diperhatian saat pemasakan adalah penggunaan api jangan terlalu tinggi. Jika suhu pemasakan terlalu tinggi, air akan cepat menguap sedangkan beras belum matang sehingga nasi bisa cepat gosong. Sebaliknya jika temperaturnya rendah suhunya akan stabil dan nasi bisa matang dengan sempurna.

Selain menggunakan dandang, pemasakan beras merah juga bisa dilakukan menggunakan rice cooker, yaitu dilakukan dengan cara menambahkan jumlah air dua kali lebih banyak dari air yang digunakan untuk memasak beras putih.

Pemasakan tidak banyak mempengaruhi nilai gizi beras merah. Serat yang terkandung di dalamnya relatif tidak berkurang selama proses pemasakan, demikian juga beberapa vitamin dan mineral. Tanpa adanya proses penyosohan, vitamin seperti B1 (thiamin) jumlahnya lebih tinggi dibandingkan pada beras putih.