Secara alami, keracunan histamin biasanya terjadi ketika mengkonsumsi ikan dari famili Scombridae dan Scomberesocidae (scombroid fish). Karena itu, keracunan histamin sering juga disebut dengan keracunan karena scombrotoxin. Keracunan histamin juga bisa terjadi ketika mengkonsumsi ikan pelagik dengan kadar daging merah yang tinggi. 

Beberapa contoh ikan yang sering menjadi penyebab keracunan histamin adalah ikan tuna, sardine, mackerel, swordfish dan marlin. Pada cumi-cumi, udang dan kerang, histamin dijumpai dalam jumlah rendah. Ikan penyebab keracunan histamin biasanya mengandung histidin bebas dalam jumlah tinggi (kadar histidin bebas lebih dari 1%).

Perubahan dari histidin menjadi histamin, disebabkan oleh aktivitas enzim histidine decarboxylase (HD) dari bakteri yang mengkontaminasi ikan. Margonella sp, Proteus sp, Klebsiella sp dan Hapnia sp adalah contoh bakteri yang memiliki enzim HD. Cumi-cumi, udang dan kerang hanya mengandung sedikit histidin bebas. Hal ini menjelaskan mengapa kadar histamin di dalam boga bahari jenis ini rendah. KI