Menu clean eating pada dasarnya adalah sesuatu yang bersifat alami dan diketahui asal usulnya. Untuk merancang menu clean eating ada baiknya jika mengetahui apa saja bahan-bahan yang mudah didapatkan di sekitar wilayah setempat. Sehingga, akan memudahkan dalam mengatur menu-menu yang akan dirancang untuk clean eating.Untuk restoran dengan konsep yang kasual, menyajikan menu clean eating sebaiknya di lengkapi dengan keterangan mengenai menu tersebut, sehingga konsumen juga dapat teredukasi mengenai konsep clean eating. Sedangkan untuk restoran dengan konsep fine dining menu clean eating dapat disajikan dengan kreasi yang lebih banyak. Restoran yang menggunakan konsep dan menyajikan menu clean eating maka harus mengatur manajemen pemesanan maupun pembelian bahan baku. Bahan-bahan yang digunakan untuk menu clean eating harus benar-benar segar dan terjamin secara keamanan maupun mutunya. Pelaku restoran harus mengetahui bagaimana bahan bahan tersebut didapatkan dan proses pengelolaannya selama diproduksi maupun setelah dipanen jika bahan tersebut adalah jenis tanaman. Untuk memudahkan dan meminimalisir kesalahan, pengusaha restoran juga dapat menerapkan konsep restoran bertema kebun organik sehingga dapat menjadi daya tarik konsumen selain memudahkan untuk mendapatkan bahan-bahan dengan kualitas yang terjaga untuk memenuhi konsep clean eating. Jika tidak tertarik untuk menerapkan restoran dengan tema kebun, para pengusaha restoran harus memastikan bahan yang diperoleh dari supplier adalah bahan-bahan yang segar. Setelah memastikan bahan baku yang digunakan, konsep clean eating kemudian harus memperhatikan bagaimana bahan tersebut diolah. Pada konsep clean eating, pengolahan yang dilakukan harus didasarkan pada cara pengolahan, alat yang digunakan, serta bahan tambahan yang digunakan. Menu clean eating merupakan menu yang sederhana. Tidak memerlukan pengolahan yang kompleks dan seringkali disajikan segar seperti salad. Bahan tambahan maupun bahan lain yang digunakan pun harus dipastikan kadar dan keamanannya.
