Kontaminasi silang adalah proses perpindahan mikroba dari satu objek ke objek lain. Proses kontaminasi silang biasa terjadi melalui banyak cara baik secara langsung maupun tidak langsung. Jika perpindahan mikroba ke produk siap makan (RTE) maka proses kontaminasi silang terjadi secara langsung. Sama halnya seperti cairan daging mentah menetes dan mengenai sayuran yang akan disajikan sebagai lalap atau pada produk yang siap makan atau dapat pula produk tersebut jatuh ke lantai. Kontaminasi tidak langsung terjadi jika mikroba dari suatu sumber dipindahkan ke produk pangan siap makan dengan perantara non pangan seperti tangan, perkakas, dan peralatan memasak yang digunakan. Kontaminasi tdak langsung adalah jenis kontaminasi silang yang paling umum terjadi di industri jasa boga, kondisi ruang yang tidak memadai, desain ruangan yang buruk dan penerapan praktik penanganan makanan yang kurang serta faktor ketidaktahuan menjadi beberapa faktor penyebab kontaminasi silang tidak langsung.
Tangan, permukaan tempat bekerja, pisau, dan perlatan dapur lain seperti papan pengiris, kain lap, bak pencucian merupakan objek yang paling sering menjadi perantara terjadinya kontaminasi silang tidak langsung. Beberapa perantara ini seperti tangan, pisau, dan kain lap akan memindahkan mikroba berbahaya ke seluruh bagian dapur. Sementara sebagian yang lain seperti papan pengiris dan bak pencucian akan mengontaminasi produk yang dikontakkan. Kontaminasi silang dapat menyebabkan keracunan pangan ketika mikroba yang dipindahkan dari berbagai objek ke produk pangan siap makan adalah bakteri yang berbahaya. Seperti Campylobacter, Salmonella, dan E. coli.